PyMol的基本操作及動畫製作

王老師的作業：利用PyMol 分析一個實驗室研究的蛋白的結構並且製作動畫

1.我們實驗室研究的的主要蛋白是存在Vibrio vulnicus裡的蛋白Leucine-responsive regulatory protein (Lrp)。 利用網址http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do 搜尋Lrp.顯示如下：

2.我選擇Mycobacterium tuberculosis LrpA，作為我的操作物件。a leucine-responsive global regulator associated with starvation response.代號為2QZ8

3.打開PyMOL。點擊 Plugin, PDB loader service，輸入 2QZ8. 會出現該蛋白的結構圖。

4. 在右邊的圖層欄，點擊H隱藏lines,再點擊S顯示 cartoon.可以改變蛋白質的結構顯示方式。

5.點擊 Display, background 可以將背景改成白底的。

6. 指令對框，輸入"color red, chain A” 用來改變chain 的顏色。分別重複輸入指令從

color red, chain A

color yellow, chain B

color green, chain C

color blue, chain D

存檔點擊Save session

7.可以利用右邊圖層欄的指令 H 把水分子隱藏起來，這樣畫面會簡潔些。

 8. 也可讓不同的chain用不同的結構顯示。點擊Display選擇 sequence，

以滑鼠選指定序列而改變此圖層之結構方式（S）。可以每一條chain都換一種結構顯示方式，比如chain A: sticks；

chain B: ribbon；

chain C: spheres；

chain D: surface

9.右側的圖層欄Action(A)下選擇generate--> vacuum electrostatic--> protein contact

potential (local),即可分析蛋白區域的帶電性，越偏紅色就帶負電；越藍則帶正電

；白色則是中性，藍色的地方即很有可能為DNA結合的區域。

10.製作REV-ERBbeta：2QZ8 的3D 動畫。在指令欄輸入如下指令：

mset 1x120 --> util.mroll 1,120,1 --> set ray_trace_frames=1 --> mpng mov

若是指令正確，則會開始保存照片。用軟體Movie Maker將這120張照片，在設定0.05秒就顯示一張照片的速度做成影片。